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Grâce aux récentes avancées technologiques en matière d'imagerie tridimensionnelle, il est désormais possible de faire parler des échantillons que conservent les paléontologues. Si, jusque là, il était impossible d'observer l'intérieur des minéraux, la seule méthode consistait à procéder à un découpage de l'objet d'étude en fines lamelles. Chaque tranche était ensuite photographiée mais cela amenait nécessairement à la destruction de la roche et du fossile.
Désormais, la numérisation en 3D donne accès à la matière et aux structures internes des objets sans les altérer. Les chercheurs voient enfin devenir réalité, leur rêve consistant à pouvoir observer des "trésors cachés dans des écrins scellés par la matière et le temps". Concrètement, il devient ainsi possible d'observer les graines du "plus ancien citron connu dans l'ouest de la Méditerranée". Ce qui est surprenant est son aspect de fruit carbonisé.
La technique qui est utilisée en parallèle, la tomographie aux rayons X, permet d'obtenir une définition exceptionnelle des moindres détails. L'objet est scanné sur 360 degrés et les différentes densités permettent de reconstituer par ordinateur le volume global de la structure. Même principe que dans l'imagerie médicale (radiographie et IRM), il devient possible de reconstituer en trois dimensions les os des jambes des hommes de Neandertal par exemple.
"Le fossile qu'on voit dans les musées, le public pense peut-être que c'est un fantôme grossier de l'animal observé. En fait, atome par atome, chaque structure de l'animal est conservée", précise un paléontologue du Muséum national d'histoire naturelle. Le cerveau d'un homme de Cro-Magnon a ainsi été reconstitué à partir d'un crâne.