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Ce sont d'abord des soldats du contingent burundais qui ont ressenti des symptômes de la maladie. Douleurs à la poitrine, fièvre, maux de tête, enflures sur les membres inférieurs, pouls rapide et problèmes respiratoires ont été constatés. Les premiers rapports d'enquête ont indiqué une vague de leptospirose, alors qu'aucun cas n'a été rapporté par l'Unicef dans l'ensemble de la population. Cette maladie infectieuse appelée aussi maladie du rat est transmise à l'homme au contact de l'eau contaminée par de l'urine d'animaux infectés. La transmission d'homme à homme est impossible, l'agent contaminant est toujours d'origine animale. L'homme peut être infecté quand il est en contact avec de l'eau, de la nourriture ou de la terre contaminée par l'urine d'un animal infecté, comme un chien ou un rat. L'Organisation mondiale de la santé rappelle que cette maladie est difficile à diagnostiquer, car des analyses en laboratoire sont nécessaires pour confirmer le diagnostic. Non traitée, la leptospirose peut entraîner une méningite, des lésions rénales, une insuffisance hépatique et une détresse respiratoire. Le risque est accru pour les personnes travaillant en plein air ou avec des animaux. Le responsable de la santé ougandais s'est rendu à Mogadiscio où ont été évacués les soldats infectés afin d'enquêter sur cette maladie. 2700 soldats ougandais et 1600 soldats burundais sont déployés en Somalie dans le cadre de la mission de l'Union africaine en Somalie.