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Le métagénome, c'est-à-dire l'ensemble des gènes humains et de bactéries présents dans l'intestin, regroupe environ 150 fois plus de gènes que notre génome au complet. Le système digestif d'un être humain possède au minimum 160 espèces de bactéries, en moyenne un millier. Les scientifiques ont séquencé et analysé plus de 3 millions de gènes humains et de bactéries en provenance de 124 hommes et femmes, certains en bonne santé, d'autres obèses ou encore porteurs d'une maladie intestinale. Car en effet, certaines maladies intestinales peuvent être provoquées par la flore intestinale, d'où l'importance de ces travaux.
Si ces bactéries sont si nombreuses dans l'appareil digestif, c'est pour répondre aux 6.000 fonctions que demandent l'assimilation et la digestion des aliments, la synthèse des vitamines... Pourtant, malgré ce nombre élevé, les bactéries sont très semblables d'un individu à l'autre : chez les 124 personnes étudiées, on retrouvait 57 espèces de bactéries communes. Ces résultats sont issus d'un projet international dont le but est d'"établir des associations entre les gènes des bactéries de la flore intestinale humaine et notre santé et nos maladies", telles que la maladie de Crohn ou les allergies.
Ces découvertes pourraient aussi s'avérer utiles pour la mise au point d'une alimentation adaptée à la flore de chacun avec, par exemple, la production de yaourts contenant des bactéries spécifiques au bon fonctionnement du système digestif.