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En début de matinée, les policiers ont tiré des gaz lacrymogènes et avancé sur les places Rabaa al-Adawiya et Nahda, où des milliers d'islamistes sont barricadés depuis un mois et demi avec femmes et enfants pour réclamer le retour de M. Morsi, destitué et arrêté par l'armée le 3 juillet.
Une demi-heure après le début de l'opération, un journaliste de l'AFP a pu compter 17 cadavres alignés dans une morgue de fortune sur la place Rabaa al-Adawiya, dont plusieurs manifestement tués par balles. Les Frères musulmans ont pour leur part annoncé un bilan dépassant les 100 morts et 2.000 blessés.
Deux membres des forces de sécurité ont également été tués, a annoncé le ministère de l'Intérieur dans un communiqué, affirmant que les manifestants avaient ouvert le feu sur la police.
Les manifestants ont été pris par surprise, dans la mesure où les autorités avaient annoncé une opération "graduelle", pour persuader certains manifestants d'évacuer pacifiquement avant que l'assaut ne soit lancé contre les plus déterminés.
Des images de télévision montraient des bulldozers enfoncer des barrières de fortunes faites de pavés et de sacs de sable.
Les Frères musulmans, l'influente confrérie de M. Morsi, qui avait remporté les législatives un an après la chute de Hosni Moubarak, ont appelé "les Egyptiens à descendre dans la rue pour arrêter le massacre".
"Ce n’est pas une tentative de dispersion mais une tentative d’écraser d’une façon sanglante toute voix opposée au coup d’Etat militaire", a dénoncé Gehad el-Haddad, porte-parole des Frères musulmans, sur Twitter.
Mardi soir, de violents affrontements entre partisans et opposants de M. Morsi avaient fait un mort au Caire, alors que les pro-Morsi avaient encore une fois défié le nouveau pouvoir en manifestant dans la journée, en particulier aux abords de plusieurs ministères.
Avant l'assaut de mercredi, les violences entre pro et anti-Morsi et entre pro-Morsi et forces de l'ordre avaient déjà fait plus de 250 morts depuis fin juin, essentiellement des manifestants islamistes.
Les Etats-Unis avaient demandé mardi aux autorités égyptiennes de laisser les pro-Morsi manifester, s'inquiétant d'une nouvelle éruption de violence. "Nous encourageons le gouvernement intérimaire à laisser le peuple manifester, c'est un élément fondamental pour faire avancer le processus démocratique", a plaidé une porte-parole du département d'Etat, Marie Harf.
Alors que le gouvernement et la presse quasi-unanime les accusaient d'être des "terroristes" ayant stocké des armes automatiques sur les deux places et se servant des femmes et des enfants comme "boucliers humains", les Frères musulmans ont répété à l'envi que leurs rassemblements étaient pacifiques.