Si les Européens se contentent de réponses nationales face à un phénomène européen, "la crise s'aggravera, avec des réactions en chaîne des opinions publiques et des gouvernements nationaux, si on ne se dote pas d'instruments à la hauteur", affirme Mme Mogherini, qui est aussi vice-présidente de la Commission européenne.
"Sans ces instruments, "il y a le risque de la désintégration", ajoute-t-elle.
L'Autriche a annoncé des mesures de sécurisation de sa frontière avec la Slovénie, pouvant inclure l'édification d'une clôture qui serait une première dans l'espace Schengen, pour contrôler le flux des migrants qui attise les tensions entre pays de l'UE.
Lors d'un entretien téléphonique mercredi avec le président de la Commission européenne, Jean-Claude Juncker, le chancelier social démocrate Werner Faymann a toutefois convenu que "les barrières n'ont pas leur place en Europe", sans repréciser les intentions de l'exécutif viennois.
Ljubljana a également relativisé parlant "d'une clôture de faible hauteur, d'un obstacle pour réguler le flot de migrants" et éviter les passages à travers champs.
Les réactions en chaîne le long de cette route des Balkans, qui part de Turquie et de Grèce, sont redoutées par l'UE qui avait appelé les Etats, lors d'un mini-sommet européen dimanche, à éviter les décisions unilatérales.
Le Premier ministre slovène Milo Cerar a rappelé que son pays "avait déjà préparé un scénario similaire depuis un bon moment", et que le gouvernement était lui aussi "prêt à édifier une barrière" à sa frontière avec la Croatie s'il le jugeait nécessaire.
"Ça montre que la politique européenne en termes de migrations et d'accueil de réfugiés ne fonctionne pas du tout (...), ça remet totalement en cause le principe de Schengen", a commenté pour l'AFP Olivier Clochard, chercheur au CNRS et président du réseau Migreurop, à propos de l'annonce de Vienne.
La crise migratoire pourrait "provoquer un séisme dans le paysage politique européen" en remettant en cause le principe de libre circulation, avait mis en garde mardi le président du Conseil européen Donald Tusk.
Le règlement de Dublin, texte pivot de la politique européenne de l'asile qui confie l'examen des demandes au premier pays d'entrée des réfugiés, est également sur la sellette: "il ne fonctionne plus", il faut le "changer", a affirmé Jean-Claude Juncker.
Même les relations de bon voisinage entre Autriche et Allemagne sont affectées: la puissante Bavière reproche à l'Autriche d'envoyer des milliers de réfugiés vers la frontière sans avertissement.
Le ministre allemand de l'Intérieur Thomas de Maizière a dénoncé un comportement "pas correct" de Vienne, qui doit changer "immédiatement".
Pour autant, la construction "de barrières ou de murs" n'est pas la solution, a estimé Berlin.
La police autrichienne dit faire de son mieux, estimant que c'est la Bavière qui filtre de manière excessive les entrées.