Lors d'un match contre Pau en janvier, à la dernière seconde du match, l'ex-Toulousain prend un coup de poing dans la joue. En regagnant les vestiaires, il est pris d'un malaise et s'effondre. Il se rend à l'hôpital de Pau pour passer un scanner. Cela ne donne rien.
Quelques semaines plus tard, à son domicile, le rugbyman sent le côté gauche de son corps qui se paralyse. Il tombe par terre et a l'impression de faire une crise cardiaque. En fait, il est victime d'un sérieux accident vasculaire. Les médecins lui expliquent que le choc à Pau en est à l'origine, qu'une artère a été endommagée.
Le traumatisme fait vraiment réfléchir le joueur gallois. Dans une interview à L'Equipe un mois plus tard, il confie : "Quand je pense que cet accident est dû au rugby, je me dis : à quoi ça sert de mettre ma vie en danger pour ça ?" Il reste écarté des terrains pour la fin de la saison 2005-06.
Mais finalement, l'arrière reprend sa place à Toulouse, puis aux Cardiff Blues. Il participe également à la Coupe du monde 2007 en France. Gareth Thomas est toujours en activité à l'heure actuelle.