Karim Koubriti est arrivé en avril 2000 à l'âge de 21 ans à New York et le Casablancais Ahmed Hannan s' y est installé en novembre 2000 à l'âge de 31 ans. Ils y rencontrèrent un Algérien venu à Chicago en novembre 1999, Farouk Ali Haimoud, chargé de faire parvenir de l'argent et des armes aux Algériens soulevés contre les autorités de leur pays.
Koubriti avait, par la suite, résidé à Falls Church en Virginie dans la même rue que l'un des pirates du 11 septembre.
Ces hommes furent arrêtés par hasard le 17 septembre 2001 alors que les agents du FBI recherchaient une personne proche d'Al-Qaïda, qui venait de passer un permis poids lourd pour le transport de produits chimiques. Leur chef, qui habitait à Chicago, le Marocain Abdellah El Merdoudi, réussit à échapper et ne sera arrêté que le 5 novembre 2002 en Caroline du Nord.
En novembre 2001, Yassine Chekkouri, un bibliothécaire marocain du Centre culturel islamique de Milan est arrêté en Italie. Il sera emprisonné en novembre 2001 et ses biens saisis en août 2002.
En janvier 2002, deux de ses compatriotes de Hollande, Ahmed El Bakiouti (20 ans) et Khalid El Massnaoui (21 ans) ont été tués par les forces indiennes. Habitant avec leur famille à Eindhoven, ils voulaient rejoindre Al-Qaïda et avaient été mis à la disposition des combattants musulmans du Cachemire par les Pakistanais. Le 20 janvier 2002, Najib Chaîb est arrêté en Espagne.
Le même mois, les Espagnols arrêtent Ahmed Ibrahim dans la région de Barcelone. Le compte géré par ce dernier était destiné au financement des opérations au Maroc.
Le 12 février 2002, les États-Unis informent officiellement le ministère espagnol des Affaires étrangères de la présence de deux Espagnols d'origine marocaine parmi les détenus de Guantanamo. Il s'agit d'Ahmed Abderrahman et Abdesslam Rechouane, arrêtés en janvier en Afghanistan et transférés à Cuba.
En février 2002, quatre Marocains sont arrêtés à Rome. Ils étaient liés à Tarek Maâroufi en Belgique et soupçonnés de vouloir empoisonner avec leurs quatre kilos de cyanure l'eau de la ville de Rome. De plus, ils disposaient de 10 kilos d'explosifs.
La police antiterroriste de Milan arrêtera, le jeudi 11 juillet 2002, sept Maghrébins, dont quatre Tunisiens membres du Groupe salafiste pour la prédication et le combat, et un Roumain soupçonné d'avoir fourni de faux passeports à des membres du réseau terroriste Al-Qaïda en Europe. Il S'agit des frères Kazdari, Mohamed "Hamid" Ouad, 35 ans (Maroc) et Saïd "Mustapha" Ouad, 28 ans (Maroc) et d'Abdelali "Ali" Kisra, 33 ans (Maroc), d'Abdallah "Abdul" Grich, 28 ans (Maroc), de Rafik Ben Salem Touati, 32 ans (Tunisie) et d'Ioan Benone Danci, 34 ans (Roumanie).
Lundi 15 avril 2002, Ali Allam, qui avait participé à des entraînements en Afghanistan au début des années quatre-vingt-dix, est arrêté avec trois autres personnes à Rabat, pour formation d'un réseau de falsification de passeports et de visas. Il comparaîtra le 26 mai devant un tribunal de cette ville.
Au début du mois d'avril 2002, cinq personnes ont été arrêtées à Hay An-nahda. Tous sont des anciens "Afghans".
Mohamed El Guerbouzi, Abdellatif Mourafik et Meknassi Saâd Houssaini avaient créé en 1998, à Peshawar au Pakistan, Harakat al-Mujâhidine fi al-Maghreb (Mouvement des combattants au Maghreb)ou Groupe islamique combattant marocain (GICM), alors que pour la DST marocaine, c'est Mohamed Guerbouzi, un émigré originaire de Larache, disposant de la nationalité britannique, élève d'Abou Qatada, le célèbre prédicateur jordanien d'origine palestinienne, qui serait derrière la création à Londres en 2002 du GICM. Ce groupe ultra-radical est le pendant marocain du Groupe islamique combattant libyen (GICL), d'Ibn Cheikh El-Liby, qui accueillait en Afghanistan les volontaires du jihad recrutés dans le Royaume par l'infirmier Ahmed Rafiki. Les liens de Guerbouzi, alias Abou Issa, qui vit dans la capitale britannique, avec Al-Qaïda sont avérés. Selon les révélations de Noureddine Nfia, capturé en Mauritanie par la CIA et condamné à vingt ans de prison, Guerbouzi est "le premier recruteur des membres du GICM et le coordinateur principal entre ses cellules en Europe". Il disposait d'une "cellule dormante" au Canada et de quatre autres en Europe (France, Italie, Belgique et Grande-Bretagne).
Suite à une rencontre à Istanbul en janvier 2003, où il y aurait eu divers Marocains, dont les frères Benyaïch, Saâd Houssaïni, Karim Mejjati, Driss Chebli, Abdellatif Mourafiq et Zarkaoui (tué en Irak), de son vrai nom Ahmed Fadel Nazzal Al-Khalayleh, il a été décidé de préparer un attentat au Maroc au printemps de cette même année.
"Jeune Afrique" rapporte à cet effet que les terroristes du 16 mai et leurs chefs avaient pris soin de "doubler" leur reconnaissance de Ben Laden par une allégeance au Mollah Mohamed Omar, le chef des talibans, leader à leurs yeux du seul État véritablement musulman de l'époque contemporaine, l'Afghanistan¸ en sollicitant une fatwa légitimant ses actes (via Internet). Et plusieurs membres des cellules de Casablanca, dont l'une, au moins, des bombes humaines du 16 mai, ont consulté le site des talibans depuis un cybercafé afin d'obtenir l'approbation d'"El-Moudjahidi" (surnom d'Omar) sur ce qu'ils allaient entreprendre. Après quelques minutes d'attente, la réponse, signée du Mollah, leur est parvenue : "Dieu guide vos pas et les bénit". Leurs actes vont révéler qu'aucun pays au monde n'était épargné par la menace terroriste.