La Confédération africaine de football (CAF) avait dévoilé les critères de qualification des quinze sélections qualifiées, en plus du pays hôte, l'Afrique du Sud.
Selon ces critères, les grandes nations du football africain ne vont pas s'affronter pour les phases qualificatives à cette édition.
Vingt-huit équipes nationales sont engagées dans le deuxième tour des éliminatoires, dont la manche aller s'est déroulée le 29 février dernier et la manche retour, prévue à la mi-juin 2012.
A l'issue de ce tour, quatorze équipes seront qualifiées et rejoindront les seize sélections de la phase finale de la CAN-2012, disputée conjointement au Gabon et en Guinée-Equatoriale, pour le dernier tour éliminatoire de la CAN 2013. Trente équipes s'affronteront ainsi en matchs aller et retour à partir du système établi par la CAF afin de déterminer les quinze équipes qualifiées à la phase finale, en plus du pays hôte.