Les bureaux de vote ont ouvert à 08H00 et devaient fermer à 19H00 (07H00 et 18H00 GMT). La commission électorale dispose de cinq jours maximum pour proclamer les résultats, mais devrait le faire dès lundi ou mardi.
A Niamey, la plupart des bureaux ont pu ouvrir sans problème, parfois avec un peu de retard, a constaté l'AFP.
L'issue ne fait guère de doute: le chef de l'Etat sortant, 64 ans, qui brigue un deuxième quinquennat à la tête de ce pays ouest-africain parmi les plus pauvres du monde, devrait être réélu. Surnommé "le Lion", M. Issoufou a obtenu 48,43% au premier tour et négocié le ralliement de candidats devant lui permettre de franchir la barre des 50% sans problème.
De plus, l'opposition, qui a d'ores et déjà annoncé qu'elle ne reconnaîtrait pas le résultat du scrutin, a appelé au boycott alors que, cas de figure inédit, son représentant Hama Amadou, surnommé "le Phénix", est hospitalisé en France après avoir été emprisonné.
M. Amadou, 66 ans, a été évacué mercredi vers Paris depuis sa prison de Filingué (180 km au nord de Niamey), où il était détenu depuis novembre dans le cadre d'un trafic d'enfants présumé. Un dossier jugé "politique" par l'opposition, mais de "droit commun" selon le pouvoir qui souligne "l'indépendance de la justice".
Dans ce pays enclavé de 18 millions d'habitants, les crises politiques ont souvent débouché sur des coups d'Etat ou des tentatives de coup d'Etat.
Mais jeudi, le pays a dû faire face à un autre danger, avec deux attaques. L'une, dans l'ouest, attribuée à Al-Qaïda au Maghreb islamique (Aqmi), près des frontières bukinabo-maliennes, a coûté la vie à trois gendarmes. L'autre, dans l'est, attribuée aux islamistes nigérians de Boko Haram, qui ont fait allégeance au groupe Etat islamique, a vu cinq kamikazes tuer un officier supérieur de l'armée.
"Aqmi a voulu donner un signe avant les élections", a déclaré le ministre de l'Intérieur Hassimi Massaoudou, qui assure que "comme au 1er tour, toutes les dispositions sont prises pour assurer la sécurité".
Aucune attaque n'avait eu lieu lors du 1er tour qui s'était déroulé de manière chaotique dans de nombreuses localités en raison de problèmes logistiques.
Pendant la campagne, M. Issoufou, ancien opposant historique du charismatique président Mamadou Tandja, a mis en avant son bilan, assurant avoir doté le pays d'infrastructures, lutté efficacement contre la pauvreté et rétabli la sécurité face à la menace islamiste.
Ancien Premier ministre et ancien président de l'Assemblée nationale, Hama Amadou, qui avait soutenu M. Issoufou au deuxième tour en 2011, a rejoint l'opposition en 2013.
Emprisonné, il n'a pas pu battre campagne. Ses partisans critiquent la mauvaise gouvernance du régime et son incapacité à enrayer la pauvreté, dans un pays où 76% de la population vit avec moins de deux dollars par jour.