Un premier bilan établi mardi soir avait fait état de cinq tués "dans le secteur de Benniri", près de la frontière libyenne.
Quatre Kalachnikov ont été saisies, a précisé le ministère. Des médias locaux avaient affirmé dans la soirée de mardi que les forces de sécurité et de l'armée encerclaient une maison où étaient retranchés des jihadistes présumés, une information qui n'a toutefois pas été confirmée officiellement jusqu'à présent.
Le secteur de Benniri se trouve à quelques kilomètres au sud de Ben Guerdane, à proximité de la frontière avec la Libye. Ben Guerdane a été placé sous couvre-feu nocturne après les sanglantes attaques jihadistes survenues lundi à l'aube, au cours desquelles 36 extrémistes, 12 membres des forces de l'ordre et sept civils ont été tués.
Selon les autorités, ces attaques ayant ciblé des installations sécuritaires de la ville, visaient à créer un "émirat" du groupe extrémiste Etat islamique (EI).
D'après des témoins, la présence sécuritaire restait massive mercredi matin à Ben Guerdane, une ville de quelque 60.000 habitants. Les autorités ont prévenu que les "opérations de ratissage" allaient se poursuivre dans la région.
"Nous avons remporté une bataille (et) nous sommes prêts pour les autres", a clamé mardi le Premier ministre Habib Essid, affirmant que la Tunisie était en "guerre totale contre le terrorisme".
Mais pour beaucoup, le fait que les hommes armés aient pu se déplacer avec autant d'aisance est le signe qu'ils sont originaires de la région, laissant entrevoir la possible existence de "cellules dormantes".
Le pays est confronté depuis sa révolution de 2011 à l'essor d'une mouvance jihadiste responsable de la mort de dizaines de policiers et de soldats ainsi que de touristes.
Les attaques de lundi contre des installations sécuritaires sont intervenues moins d'une semaine après de premiers heurts dans cette même région, lors desquels cinq "terroristes" avaient été tués.
La Tunisie, qui compte plusieurs milliers de ressortissants dans les rangs d'organisations jihadistes à l'étranger, exprime régulièrement son inquiétude à propos de la Libye, où le chaos politique depuis la chute et la mort du dictateur Mouammar Kadhafi a permis l'essor de l'EI.