Cette opération est menée à l'aide d'une soixantaine d'autocars, dont au moins 45 sont partis à 04H00 (01H00 GMT) de Foua et Kafraya, deux localités loyalistes assiégées depuis deux ans par les rebelles.
Parallèlement, 11 autres bus ont quitté les localités rebelles de Zabadani, Serghaya et Jabal Charqi, dans la province de Damas.
"Le processus a repris, avec 3.000 personnes de Foua et Kafraya évacués à l'aube, et près de 300 de Zabadani, Serghaya et Jabal Charqi" a confirmé à l'AFP Rami Abdel Rahmane, directeur de l'Observatoire syrien des droits de l'Homme (OSDH).
Par crainte d'un nouvel attentat, l'opération se déroulait sous haute surveillance: plusieurs dizaines de rebelles armés gardaient les cars stationnés à l'entrée de Rachidine, une banlieue rebelle de la métropole d'Alep, utilisée comme zone de transit lors de la première opération d'évacuation.
Les voitures des journalistes sur place étaient minutieusement fouillées, a constaté le correspondant de l'AFP.
Samedi, la première opération avait tourné au carnage lorsqu'un véhicule piégé avait explosé devant des bus sortis de Foua et Kafraya.
Cet attentat, l'un des plus meurtriers depuis le début du conflit syrien il y a six ans, a tué au moins 126 personnes dont 68 enfants, selon l'OSDH.
Le régime a accusé les rebelles, qui ont rejeté toute reponsabilité et condamné l'attaque. Celle-ci n'a toujours pas été revendiquée.
A Rachidine, des combattants loyalites de Foua et Kafraya, en treillis, des enfants et des personnes âgées se baladaient dans une grande cour où étaient stationnés les bus.
La même scène s'était produite samedi dernier, avant que le véhicule piégé ne sème la mort, notamment parmi des enfants qui étaient occupés à acheter des sachets de chips, selon des témoignages recueillis par l'AFP.
Par ailleurs, au moins six personnes ont été tuées et 32 blessées par l'explosion d'une bombe mercredi dans un quartier de la ville syrienne d'Alep (nord), a rapporté la télévision d'Etat.
L'explosion s'est produite à Salaheddine, un quartier du sud-ouest de la deuxième ville de Syrie qui était divisée entre régime et rebelles avant que l'armée syrienne ne reprenne en décembre la totalité de la métropole.
Il n'était pas clair dans l'immédiat si cette explosion a été provoquée par une attaque ou par le déclenchement d'une ancienne bombe présente sur les lieux.
Le 22 décembre, l'armée syrienne avait annoncé la reprise de la moitié d'Alep qui lui échappait depuis juillet 2012, après une offensive dévastatrice d'un mois.
L'explosion de la bombe est intervenue alors qu'une opération d'évacuation se déroulait à quelques km de là, à Rachidine, dans la banlieue sud-ouest d'Alep. Cette opération avait été ensanglantée samedi par une attaque au véhicule piégé qui a fait plus d'une centaine de morts, soit l'un des attentats les plus sanglants du conflit syrien.