Un total de 1.370 soldats et policiers sont arrivés à Juba pour garantir la sécurité de M. Machar - nommé vice-président en février - qui doit, lui, y revenir lundi prochain pour former un gouvernement de transition avec le président Salva Kiir.
Les troupes rebelles ont été transportées à Juba sur des avions des Nations unies ou des vols spécialement affrétés, comme "requis par la première phase du dispositif transitoire de sécurité", a annoncé la Commission de surveillance et d'évaluation (JMEC) de l'accord de paix.
La JMEC avait été créée par l'organisation régionale des pays d'Afrique de l'Est (Igad), pour que l'accord, plusieurs fois violé et dont l'application a été maintes fois repoussée, soit enfin mis en oeuvre.
Le retour de M. Machar à Juba entre dans le cadre de l'accord de paix conclu avec M. Kiir le 26 août 2015, qui prévoit un cessez-le-feu et un mécanisme de partage du pouvoir pour mettre fin à plus de deux ans d'une guerre civile dévastatrice.
Riek Machar a été nommé vice-président du Soudan du Sud le 12 février, un poste qu'il occupait déjà au côté de Salva Kiir avant le déclenchement du conflit en décembre 2013. Il n'a plus remis les pieds à Juba depuis le début de la guerre, et a vécu en exil au Kenya et en Ethiopie.
Le porte-parole des rebelles, Mabior Garang, a cependant accusé dimanche des "faucons" au sein du gouvernement de tenter de saper l'accord de paix, notamment en accroissant le nombre des soldats gouvernementaux à Juba.
Les rebelles "trouvent cette situation inacceptable et se réservent le droit à l'autodéfense", a-t-il prévenu, tout en assurant qu'ils restaient déterminés à appliquer l'accord de paix.
Le Soudan du Sud a proclamé son indépendance en juillet 2011, sur les ruines de décennies de conflit avec Khartoum, avant de replonger deux ans et demi plus tard dans la guerre en raison de dissensions politico-ethniques au sein de l'armée, alimentées par la rivalité entre MM. Kiir et Machar.
Plus de 2,3 millions de personnes ont été chassées de chez elles et des dizaines de milliers tuées par la guerre et les atrocités dont les deux camps se sont rendus coupables.
Par ailleurs, à Darfour, dans l'ouest du Soudan, les bureaux de vote ont ouvert lundi au pour un référendum sur le statut administratif de cette région troublée, une consultation boycottée par les groupes rebelles.
Les opérations de vote ont débuté à 09H00 (06H00 GMT) pour une durée de trois jours, a constaté un correspondant de l'AFP.
Les électeurs doivent décider s'ils veulent conserver la structure actuelle du Darfour, divisé en cinq Etats, ou de les fusionner en une seule et même région.
La première option est soutenue par le président Omar El-Béchir mais critiquée par les observateurs qui affirment qu'elle renforce encore davantage le contrôle du pouvoir sur cette région d'environ 500.000 km2 dont le sous-sol recèle d'importantes richesses (pétrole, uranium et cuivre).
Les insurgés soutiennent que les combats ne sont pas propices à l'organisation d'une consultation.