Le club madrilène a réagi en faisant part de sa "surprise" après la décision de l'UEFA dans un très bref communiqué publié sur son site Internet. Selon des médias espagnols, Xabi Alonso et Sergio Ramos, prévenus depuis le banc de touche du Real, se sont volontairement fait exclure contre l'Ajax pour arriver en 8e de finale avec un casier disciplinaire vierge après un dernier match de poules sans enjeu contre Auxerre.Alonso et Ramos ont été exclus en fin de match à Amsterdam, les deux après avoir reçu un second carton jaune pour avoir mis trop de temps à jouer un coup de pied arrêté. Des images diffusées en Espagne ont montré plusieurs conversations entre joueurs du Real Madrid: d'abord, entre l'entraîneur José Mourinho et le gardien remplaçant Jerzy Dudek puis entre Dudek et le gardien et capitaine Iker Casillas et enfin entre Casillas et Sergio Ramos.
L'UEFA a également décidé d'ouvrir une enquête disciplinaire à l'encontre du CFR Cluj pour "la mauvaise conduite" de son entraîneur Sorin Cârtu à Bâle."Les deux affaires seront examinées par l'Instance de contrôle et de discipline de l'UEFA le mardi 30 novembre", a précisé l'UEFA.