Le Scud a été intercepté "ce matin vers 03H00", a déclaré à l'AFP le porte-parole de la coalition, le général de brigade saoudien Ahmed Assiri.
"Ils continuent de prendre les villes pour cibles", a-t-il ajouté en parlant des rebelles chiites pro-iraniens qui contrôlent le nord du Yémen et la capitale Sanaa.
La base aérienne Roi Khaled se trouve près de la ville visée de Khamis Mouchaït, située à une centaine de kilomètres de la frontière avec le Yémen.
L'armée saoudienne y a déployé des missiles anti-missiles Patriot qui ont déjà permis d'intercepter des Scud, tirés occasionnellement par les rebelles yéménites houthis et leurs alliés, des unités militaires restées fidèles à l'ex-président Ali Abdallah Saleh.
Depuis l'intervention militaire au Yémen de la coalition arabe en mars 2015, les tirs de missiles et d'autres projectiles ont fait plus de 90 morts, civils et militaires, dans le sud de l'Arabie Saoudite.
Début février, le général Assiri a indiqué qu'au total 375 civils, dont 63 enfants, avaient été "tués ou blessés" depuis mars 2015 dans le sud du royaume saoudien par des tirs en provenance du Yémen.
Il a ajouté que plus de 40.000 obus de mortier, roquettes Katioucha et autres projectiles avaient été tirés du Yémen contre le territoire saoudien en 10 mois.
Ces tirs, au rythme quotidien d'une moyenne de plus de 129 projectiles, ont été effectués par les Houthis, soutenus par l'Iran, selon le général Assiri. En outre, "12 missiles Scud ont été interceptés".
Selon les Nations unies, la guerre au Yémen a fait plus de 6.100 morts au Yémen, dont environ la moitié des civils, depuis mars 2015.
Samedi, un soldat et un civil ont été tués dans le sud de l'Arabie Saoudite par des tirs en provenance du nord du Yémen, contrôlé par les rebelles chiites houthis, ont annoncé les autorités saoudiennes.
Un projectile tiré samedi matin depuis les territoires yéménites a pris pour cible une patrouille des gardes-frontières saoudiens dans la région d'Assir, tuant un soldat, a annoncé un porte-parole du ministère de l'Intérieur, cité par l'agence officielle Spa.
Dans la soirée, un projectile, tiré également depuis le Yémen, s'est abattu sur la ville de Najran, tuant un résident étranger, a annoncé pour sa part un porte-parole de la Défense civile de Najran dans un bref communiqué, sans préciser la nationalité ou l'identité de la victime.
Le conflit au Yémen a fait plus de 6.100 morts, pour près de la moitié des civils, et environ 30.000 blessés, selon l'ONU.
Malgré le soutien militaire de la coalition arabe, les forces gouvernementales peinent à assurer la sécurité dans cinq provinces du Sud, reprises l'été dernier aux rebelles qui continuent à contrôler des régions du nord, dont la capitale Sanaa.