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Parmi les "irrégularités" pointées, figure notamment le refus "partiel" de divulguer les déclarations d'absence de conflit d'intérêts des membres de l'exécutif européen chargés de négocier ces achats avec les laboratoires pharmaceutiques.
"La Commission n'a pas donné au public un accès suffisamment large aux contrats d'achat de vaccins contre la Covid-19", fait valoir dans un communiqué le tribunal établi à Luxembourg.
Cette juridiction avait été saisie par un groupe d'eurodéputés et des particuliers.
Ceux-ci avaient d'abord réclamé à la Commission en 2021 de pouvoir accéder à tous les documents leur permettant de comprendre les termes et conditions des achats et de "s'assurer que l'intérêt public était protégé", rappelle le communiqué.
Ils s'appuyaient sur une réglementation européenne de 2001 relative à l'accès du public aux documents des trois grandes institutions de l'UE (Parlement, Conseil et Commission).
Les réticences de la Commission --qui n'avait accepté qu'"un accès partiel" aux documents, "mis en ligne dans des versions expurgées"-- avaient ensuite convaincu les requérants de saisir la justice.
Mercredi, dans deux arrêts, les juges européens ont donné partiellement raison aux plaignants, en annulant les décisions de la Commission "contenant des irrégularités".
Ces achats de vaccins anti-Covid remontent à 2020 et 2021. Il s'agissait d'achats groupés négociés par la Commission pour le compte des 27 Etats membres.
Le tribunal rappelle que rapidement après l'arrivée de la pandémie sur le sol européen au printemps 2020, "environ 2,7 milliards d'euros ont été débloqués afin de passer une commande ferme de plus d'un milliard de doses de vaccin".
Plus de la majorité des doses ont été achetées ou réservées au duo américano-allemand Pfizer/BioNTech, mais cinq autres fabricants ont vu leurs vaccins être homologués par le régulateur européen (Moderna, AstraZeneca, Janssen, Novavax et Valneva).
Parallèlement à plusieurs recours devant la justice de l'UE pointant un manque de transparence, le parquet européen a de son côté ouvert une enquête en octobre 2022 sur ces achats controversés.
Un an plus tôt, une vive polémique avait éclaté après la révélation par le New York Times d'un échange de SMS entre la présidente de la Commission européenne Ursula von der Leyen et le PDG de Pfizer Albert Bourla.
Et face au refus opposé par les services de la Commission à un journaliste qui demandait à connaître la teneur de ces textos, la médiatrice de l'UE avait critiqué à l'été 2022 l'attitude de l'exécutif européen.