Le joueur de Chelsea est sorti de l'aéroport peu après 7h00 locales (06h00 GMT), après un vol en provenance du Cap, en Afrique du Sud.
Dimanche, les joueurs de l'équipe de France avaient refusé de s'entraîner pour protester contre son exclusion du groupe.
Selon le journal L'Equipe, il a insulté Domenech à la mi-temps de France-Mexique (défaite française 2-0) jeudi, alors que le sélectionneur tentait de le repositionner tactiquement. Anelka n'avait pas repris le match, remplacé par André-Pierre Gignac.
Après la publication des insultes, le président de la Fédération française (FFF), Jean-Pierre Escalettes, a annoncé samedi l'exclusion d'Anelka, évoquant "le refus du joueur de se livrer à des excuses publiques".
Mais dimanche après-midi, les joueurs de l'équipe de France ont refusé de s'entraîner pour protester contre ce renvoi, et envoyé leur sélectionneur Raymond Domenech lire à la presse un communiqué exposant leur colère.
L'attaquant ivoirien Didier Drogba a apporté son soutien à son coéquipier de Chelsea. "C'est mon partenaire depuis deux ans et demi, oui je le soutiens", a dit dimanche Drogba, à la fin du match Côte d'Ivoire-Brésil (1-3) au Mondial-2010.
"Je souhaite bon courage à Nicolas Anelka, c'est un moment difficile, il est costaud mentalement, c'est un compétiteur. Oui, ça m'a étonné qu'il soit exclu", a-t-il ajouté.
Pour son dernier match de la phase de groupe, l'équipe de France, qui garde une petite chance de se qualifier en cas de large victoire, doit rencontrer l'Afrique du Sud mardi à Bloemfontein (centre de l'Afrique du Sud).
Les Bleus ont repris l’entraînement
Les joueurs de l'équipe de France ont repris l'entraînement lundi matin à Knysna (sud), au lendemain d'un mouvement de grève pour protester contre l'exclusion de l'attaquant Nicolas Anelka, a constaté un photographe de l'AFP.
Après une discussion collective, les joueurs ont commencé à trottiner autour du terrain, alors que le sélectionneur Raymond Domenech et ses adjoints discutaient.
Dimanche, les joueurs avaient refusé de prendre part à l'entraînement. Ce refus avait entraîné la démission de Jean-Louis Valentin, le directeur délégué de la Fédération (FFF) auprès de l'équipe de France.